Neben der Zentralabteilung, die sich vor allem um die internen Angelegenheiten des Ministeriums kümmert, gibt es folgende fünf Fachabteilungen:

Abteilung II: „Arbeit und Qualifizierung"

Einige Schwerpunkte: Aus- und Weiterbildung, Fachkräftegewinnung, Grundsicherung für Arbeitsuchende. 
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Abteilung III: „Arbeitsschutz und Aufsicht Sozialversicherung"

Einige Schwerpunkte: Arbeits- und Arbeitsschutzrecht, technische Gestaltung von Arbeit, Produkt- und Chemikaliensicherheit, Aufsicht und Prüfung Sozialversicherungen.
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Abteilung IV: „Krankenhausversorgung"

Einige Schwerpunkte: Krankenhausfinanzierung und -planung, Maßregelvollzug, Organspende, Kurorte.
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Abteilung V: „Gesundheitsversorgung, Pflege- und Gesundheitsberufe, Krankenversicherung"

Einige Schwerpunkte: Heilberufe, Rettungswesen, Prävention, Infektionsschutz, Pflegekammer, Ausbildung in Gesundheits- und Pflegefachberufen.
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Abteilung VI: „Soziales, Pflege und Alter"

Einige Schwerpunkte: Armutsbekämpfung, Alterssicherung, Inklusion, Wohn- und Teilhabegesetz, Beratung für Pflegebedürftige und Angehörige. 
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